Наумов Алексей

см. параметр tvPrefix у сниппета pdoResources

Версия MODX и Tickets последняя?

php.net/manual/ru/function.array-diff.php
php.net/manual/ru/function.array-intersect.php

Формат телефона 79990000000 строго обязателен? Что для зарубежных пользователей?

Ну а слабо открыть на github исходники modx и посмотреть, есть там такие файлы? Соответствуют они содержимому ваших файлов?

Или считаете кто-то имеет кучу свободного времени, чтобы изучить список из пары сотен файлов, что вы скинули?

Конструкция [[~[[+id]]]] корректна и правильна. uri может быть в ряде ситуаций неверным, например, если ресурс расположен в контексте, отличном от web, так бывает, допустим, на мультиязычных сайтах, когда через настройки контекста добавляется /en/ к ссылке.
Не сбивайте людей, говоря, что это неправильно, это правильно =)

Вот это ситуация.

Давайте общаться здесь modx.pro/help/16001

1. Получается, что вы на странице много раз подключаете api-maps.yandex.ru/2.1/? Верно?
Если так — вынесите подключение файла в head.
2. idx точно есть? идентификаторы у карты на странице разные получаются?
Ссылку на страницу дайте… или в л.с., если на сайте не желаете светить.

Можно через параметры url передать, тогда фильтр их подцепит

php точно (https://modx.com/download внизу):

Component
Minimum Recommended
Recommended for Production

PHP
Latest 5.5.x
Latest 5.6.x or 7.0.x

Database
Latest MySQL 5.5.x
MariaDB 10.1.x or Percona Server 5.6.x or above

Web Server
Latest Apache 2.2.x
Latest NGINX 1.8.x or above

idx нет там?

А

$this->where

нормальный формируется?
М.б. его кто-то еще ухитряется поменять? Попробуй другую переменную, локальную использовать.

Ну ломают через:
1. MODX до 2.6.5.
2. Gallery до 1.7.1
3. У вас могли слить пароли, и хоть вы сайт восстанавливаете, пароли остаются известны.
4. На каком нибудь из сайтов остался php скрипт (даже если вы сверху накатили обновление).

Решение:
1. Запретить доступ к серверу всем, кроме вашего IP
2. Лечить, восстанавливать, обновлять
3. Проверить антивирусом, типа ai-bolit
4. Сменить пароли на все.

Думается, правильно написать плагин MODX, который подключит ваш css, где будут переопределены нужные свойства у классов из main.css.

Я недавно обновлял по сценарию 2.3.0 => 2.4.0 => 2.5.0 => 2.6.0 => 2.6.5
Прошло успешно

Поди менеджеры чего нить 2 раза тыкают, или копируют.

Еще можно плагины проглядеть, вдруг там незаметно какой-то работает.

так лучше:

$profile = $modx->user->getOne('Profile');
$email = $profile->get('email');

Возможно, стоит еще поиграть параметром far.
И проверить, что на сервере стоит imagick

вот, пункт меню выбирает все подразделы