Проблемы modExtra

Здравствуйте. С недавнего времени заметил такую проблему, что при запуске rename_it.sh через PuttySSH некоторые файлы берут права root 0/0 и такая же ватрушка с файлами build.model.php и build.transport.php

Как задать права на эти файлы, чтобы они в последствии при запуске файлы не обнуляли?

UPD. Ещё заметил что не все файлы и папки переименовывает и в файле index.class.php вот такую строчку нашёл:

abstract class sgPromoMainController extends modExtraManagerController {