Вывод значений мультиселекта в том же порядке, в каком выбрано

а требуется что бы выводил в том же порядке, в каком выбрано.

Что это значит?
Насколько можно понять вы формируете значение некоторого ТВ на основании биндинга SELECT
Это прямой запрос в базу, в котором вы передаете как отсортировать результаты. Вот вам так и отображает.
Откуда тут может взяться " в том же порядке, в каком выбрано."

А я выбрал 5, 3, 4, и оно в БД записалось с сохранением выбранного порядка.

Но вы же понимаете, что в базу данных эти данные теперь записываются совсем в другую таблицу. Ваш выбор хранится как значение этого ТВ для этого ресурса и никакого отношения к запросу

@SELECT `pagetitle`, `id` FROM `[[+PREFIX]]site_content` WHERE `parent` = 3 ORDER BY `pagetitle` ASC

уже не имеют.
Не буду говорить что я точно уверен, что селект с множественным выбором сохранит данные именно в том порядке как вы кликнули, но мне кажется есть еще тип ТВ который звучит как метка (или тег) и он по сути тоже является мультивыбором и вот там очередность выбора (помоему) работает.

В БД будет храниться в порядке выбора и потому причина в другом, дайте угадаю, вы потом выводите ресурсы с помощью pdoResources подставляя значение TV в параметр resources?