Удаление файлов в Git

День добрый!

Вопрос конечно не связан с Modx, но может быть будет полезен кому-нибудь. Как правильно удалять файлы из репозитория?

Опишу ситуацию:
1. Создаю репозиторий:

git init

2. Создаю файлы на сервере file1.php, file2.php, file3.php, file4.php, file5.php и далее:

git add .
git commit -m "First commit"
git push origin

Теперь все файлы в репозитории.

3. После этого я удаляю с сервера файлы 2 и 3, а 1 изменяю и повторяю:

git add .
git commit -m "Сommit 2"
git push origin

4. Теперь в репозитории все те же 5 файлов, но файл 1 измененный, а git status выдает:

# On branch master
# Changes not staged for commit:
#   (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
#   (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
#
#       deleted:    file2.php
#       deleted:    file3.php
#
no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

Каким образом мне удалить из репозитория эти 2 файла так, чтобы в случае чего мог без проблем восстановить первый коммит (First commit). Т.е. в репозитории они отсутствуют (или стоит признак удаленного файла), на сервере их нет, но я могу в случае чего эти 2 файла восстановить.

git add -A