Ivan

1) В базе данных в таблице PREFIXms2_product_links добавляете поле sort типа INT со значение по умолчанию 500.
2) Создаете файл /assets/components/minishop2/js/mgr/product/links.grid.custom.js. Файл можете скачать по ссылке cloud.mail.ru/public/n6em/21JzhRihW
4) Создаете плагин, вешаете на событие msOnManagerCustomCssJs и пишете в нем

<?php
switch ($modx->event->name) {
    
    case 'msOnManagerCustomCssJs':
        if ($page != 'product_update') return;
        
        $assetsUrl = '/assets/components/minishop2/';
        $modx->controller->addLastJavascript($assetsUrl . 'js/mgr/product/links.grid.custom.js');
  break;

}

5) Создаете файл /assets/components/minishop2/getSort.php. Скачать можно по ссылке cloud.mail.ru/public/3cUV/57yeWGajo

Далее очищаете кэш браузера. На странице установки связей появится кнопка «Изменить сортировку». Вам необходимо выбрать строчку и нажать кнопку. Задаете сортировку и нажимаете ОК.

Что бы потом сортировать по этому полю при выводе msProducts в поле &sortby вам нужно указать { «Link.sort»:«ASC» }

P.S. Данный код ни на что не претендует. Используйте его на свой страх и риск. Если будет время, то перепишу и обновлю комментарий.