Как выбрать группу фильтров в mSearch2 ?

Не нужно делать имитацию клика. Каждый клик — это событие изменения формы, и, соотвественно, загрузка результатов с сервера. Пока кликов было мало, ты этого не замечал, а теперь ситуация изменилась.

Нужно пройти по чекбоксам и проставить (или снять) им атрибут checked, а потом отправить форму вручную.

Например, зайди сюда и набери в консоли браузера:

$('#mse2_msoption\\|tags input').each(function() {$(this).attr('checked', true)});
$('#mse2_filters').submit();