На стандартной установке не работают ЧПУ

Ну, у вас ссылки какие генерируются? link.html или index.php?id=5

Если первое — то с MODX все ок, гоняйте Nginx, если второе — то разбирайтесь с движком. Неужели так трудно логично подумать?

У меня была такая же ошибка. Решил следующим образом. Что бы понять на что конкретно идет ругань в логе сделайте следующее.

Нужно открыть файл modx.class.php (сайт\core\model\modx\modx.class.php)
Далее ищете строку:

} else {
        $this->log(modX::LOG_LEVEL_ERROR, '`' . $id . '` is not a valid integer and may not be passed to makeUrl()');
    }
    return $url;
}

Заменяете её вот на это. (на всякий случай бэкап файла сделайте modx.class.php)

} else {
        $this->log(modX::LOG_LEVEL_ERROR, '`' . $id . '` is not a valid integer and may not be passed to makeUrl()');
        /*** print the stack trace to the MODx log ***/
        try {
            throw new Exception('catch this...');
        }
        catch (Exception $e) {
            $this->log(modX::LOG_LEVEL_ERROR, $e->getTraceAsString());
        }
        /*********************************************/
    }
    return $url;
}

Сохраните файл и поюзайте сайт что бы спровоцировать ошибку, а потом откройте лог.

Там будет примерно вот что:

[2010-11-17 22:30:39] (ERROR @ /index.php) `[[+id]]` is not a valid integer and may not be passed to makeUrl()
[2010-11-17 22:30:39] (ERROR @ /index.php)
#0 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modparser.class.php(955): modX->makeUrl('[[+id]]', '', '', -1)
#1 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modparser.class.php(379): modLinkTag->process(NULL)
#2 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modparser.class.php(165): modParser->processTag(Array, false)
#3 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modchunk.class.php(93): modParser->processElementTags('[[$ysp.login_pa...', '<div class="ysp...', false, false, '[[', ']]', Array, 10)
#4 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modx.class.php(1558): modChunk->process(Array)
#5 <your_site_root>htdocs\core\components\login\model\login\login.class.php(165): modX->getChunk('ysp.login_panel...', Array)
#6 <your_site_root>htdocs\core\cache\elements\modsnippet\2.include.cache.php(289): Login->getChunk('ysp.login_panel...', Array, 'modChunk')
#7 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modscript.class.php(48): elements_modsnippet_2(Array)
#8 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modx.class.php(1528): modScript->process(Array)
#9 <your_site_root>htdocs\core\components\mycp\elements\ysplogin.snippet.php(12): modX->runSnippet('Login', Array)
#10 <your_site_root>htdocs\core\cache\elements\modsnippet\24.include.cache.php(7): include('...')
#11 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modscript.class.php(48): elements_modsnippet_24(Array)
#12 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modparser.class.php(416): modScript->process(NULL)
#13 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modparser.class.php(165): modParser->processTag(Array, true)
#14 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modresponse.class.php(63): modParser->processElementTags('', '<!--? *? * defa...', true, false, '[[', ']]', Array, 10)
#15 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modrequest.class.php(110): modResponse->outputContent(Array)
#16 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modx.class.php(815): modRequest->prepareResponse()
#17 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modx.class.php(852): modX->sendForward('1', Array)
#18 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modrequest.class.php(146): modX->sendErrorPage()
#19 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modrequest.class.php(88): modRequest->getResource('id', 'favicon.ico')
#20 <your_site_root>htdocs\core\model\modx\modx.class.php(1072): modRequest->handleRequest()
#21 <your_site_root>htdocs\index.php(93): modX->handleRequest()
#22 {main}

item #0 содержит некорректный вызов makeUrl(), а в item #3: показан чанк в котором нужно внести изменение, скорее всего заменить [[+id]] на [[*id]] или [[~[[+id]]]] заменить на [[~[[*id]]]].

Не забудьте откатить modx.class.php