Отменять скидки на товар в зависимости от доставки - простая задача без решения.

Создай свой класс обработки доставки и там убирай уже скидки у товара, если его выбрали

В справочнике минишоп все очень кратко, упоминается событие msOnBeforeSaveOrder — но никакой информации более подробно нет.

А какая информация еще нужна например?

Давайте рассуждать. Чтобы было легче идём сюда. Событие msOnBeforeSaveOrder как-то связано с сохранением заказа, учитывая задачу, пользователя надо бы оповестить о том, что выбрав доставку он теряет скидки и хорошо бы показать сколько он в итоге должен заплатить. На этапе сохранения заказа это сделать невозможно. Однако, если присмотреться к списку событий внимательно, то можно заметить, что порядок событий в нём точно такой же в каком они происходят при совершении покупки. И тогда становится очевидным, что перед сохранением заказа происходит ещё много событий. Какое же из них выбрать? Я думаю то, которое как-то связано со стоимостью заказа, ведь в конечном итоге меняется именно она. Я бы начал с msOnBeforeGetOrderCost, в него передается экземпляр класса корзина и экземпляр класса заказ. Из второго объекта получаем способ доставки, если это не самовывоз делаем так

if($order->get('delivery') != 1){
    $tmp = $cart->get();
    foreach($tmp as $k => $v){
        $product = $modx->getObject('modResource', array('class_key' => 'msProduct', 'id' => $v['id']));
        $tmp[$k][$v]['price'] = $product->get('price');
    }
 } else{
    // скидки надо возвращать, если выбран самовывоз
}
$cart->set($tmp);

Код выше это, конечно, не окончательное решение, а просто для направления мысли.

Посмотрите тут, что-то подобное уже обсуждалось.