symlink modExtra

Добрый день. Скажите, пожалуйста, установил modExtra, предварительно его переименовав, все работает как нужно, но проблема в том, что в папке компонента создаются симлинки на папки сайта assets и core. В результате этого у меня не выкачиваются эти файлы в IDE NetBeans. Получается что изменения нужно вносить в самих файлах сайта? Как тогда вести сохранение в github, если компонент наполовину не в этой папке?