Миграция с http на https протокол

Почта отправленная из формы приходит, используется phpmail, но вот что смущает.
1) Письма которые попадают на Яндекс, попадают в спам. На mail.ru попадают во входящие, как и надо.
2) В самом сообщении письма, указан протокол

http://site.com

, а должен быть https.
3) В исходном коде страницы, при просмотре из браузера, виден

<base href="http://site.com/">

, снова нет https
4) Сам браузер пишет что у вас не защищенное соединение, то есть без https. Зашел в google увидел что он проиндексировал сайт с https и http. Перешел на https браузер сообщений не выдает, всё загрузилось, всё ок. Но в браузере firefox сайт вообще не открывается – белый лист. Как такое может быть?
Что было сделано для исправления:
1) В системных настройках установлено server_protocol – https
2)

<base href="[[++site_url]]" />

— закодировано в комментарий. Если в шаблоне прописать адрес

https://site.com

, то письма не отправляются из формы.
3) Прописан редирект:

RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.site.com$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ https://site.com/$1 [R=301,L]

В каком правильном месте переписать

<base href="[[++site_url]]" />

может быть не в самом шаблоне?
Сертификат от Let's Encrypt.