MODx и 500 000 ресурсов

Как можно проследить из моих вопросов, с разбором и записью ресурсов я разобрался :)
Распарсиваю данные, пишу их в MODx (MODx на VPS, 128 памяти выделено), получается примерно в пол миллиона результатов, которые пишутся как подресурсы в свои подрубрики, в рубриках. То есть максимум по 200 ресурсов в конечных контейнерах.

Я вписал что вопрос связан с pdoTools, но это не баг, конечно, я понимаю. Просто использую только его для вывода.

На тестовых запусках с 1-5к ресурсов была проблема, что ресурсы создавались, но как будто не прописывались в MODx, то есть в админке они как ресурсы появлялись но на фронте не выводились, а в админке у контекстного меню не появлялось пункта «просмотреть»,
Что бы решить эту проблему, дописал в конец скрипта добавления $modx->cacheManager->refresh(); и так всё заработало.

Но при полноценном запуске, когда создаются все 400-500к ресурсов, похоже что обновление кэша вешается совсем.

В серверном логе ошибок ничего нет, что к MODx бы относилось, в логе MODx 150mb вот такого:

[2016-12-11 06:21:06] (ERROR @ /var/www/www-root/data/www/starsagram.ru/core/model/modx/modcachemanager.class.php : 100) Resource URI aktyoryi/inostrannyie-aktyoryi/camerondallas/bnxvdv9g0ym-new-video-ask-cam-link-in-bio.html already exists for resource id = 100299; skipping duplicate resource URI for resource id = 100399
[2016-12-11 06:21:06] (ERROR @ /var/www/www-root/data/www/starsagram.ru/core/model/modx/modcachemanager.class.php : 100) Resource URI aktyoryi/inostrannyie-aktyoryi/camerondallas/bnuolscgiem-happy-birthday-beautiful-ginabina77.html already exists for resource id = 100300; skipping duplicate resource URI for resource id = 100400
[2016-12-11 06:21:06] (ERROR @ /var/www/www-root/data/www/starsagram.ru/core/model/modx/modcachemanager.class.php : 100) Resource URI aktyoryi/inostrannyie-aktyoryi/camerondallas/bnr8ibuafbq-twitter-camerondallas.html already exists for resource id = 100301; skipping duplicate resource URI for resource id = 100401
[2016-12-11 06:21:06] (ERROR @ /var/www/www-root/data/www/starsagram.ru/core/model/modx/modcachemanager.class.php : 100) Resource URI aktyoryi/inostrannyie-aktyoryi/camerondallas/bnqdxagglvs-coming-soon-netflix.html already exists for resource id = 100302; skipping duplicate resource URI for resource id = 100402
[2016-12-11 06:21:06] (ERROR @ /var/www/www-root/data/www/starsagram.ru/core/model/modx/modcachemanager.class.php : 100) Resource URI aktyoryi/inostrannyie-aktyoryi/camerondallas/bnjgw91gjom-smile-(.html already exists for resource id = 100303; skipping duplicate resource URI for resource id = 100403

Это же выдаёт консоль при попытке обновления кэша из админки.

Информация по настроке и версии PHP тут starsagram.ru/ph.php

Переписать всё на чистом php и со своими таблицами вариант крайний и не хотелось бы его касаться.
В общем прошу помощи, надеюсь подскажите направление действий.

upd. Выложу ещё как зписываются ресурсы:

$finally = function($new_medias)use(&$insta_user,&$account){
        $insta_user->saveState();
        State::getInstance()->users_checked++;
        State::getInstance()->save();
        if(empty($new_medias))
            return;
        global $has_new_media;
        $has_new_media = true;
        global $modx;
        $resource2 = $modx->getObject('modResource', ['pagetitle'=>$account['resource_name']]);
        if(!$resource2){
            $parent = $modx->getObject('modResource', ['id'=>$account['mainresource_id']]);
            if($parent){
                $resource2 = $modx->newObject('modDocument');
                $resource2->set('parent',$parent->get('id'));
                $resource2->set('pagetitle',$account['resource_name']);
                $resource2->set('longtitle','');
                $resource2->set('alias',$account['username']);
                $resource2->set('description',$account['mainresource_descr']);
                $resource2->set('template',  Settings::$template2);
                $resource2->set('published','1');
                $resource2->set('isfolder','1');
                $resource2->setContent('');
                $resource2->save();

                $resource2->setTVValue('akaunt', $account['username']);
            }
        }
        if($resource2){
            $resource2->setTVValue('avatar', $new_medias[0]->avatar);
            foreach($new_medias as $new_media){
                    $resource3 = $modx->newObject('modDocument');
                    $resource3->set('parent',$resource2->get('id'));
                    $caption = '';

                    if($new_media->caption){
                        $caption = Utils::removeEmoji(trim($caption));
                    }
                    
                    if(!$caption)
                        $caption = 'Запись от '.date('Y-m-d');
                    if(mb_strlen($caption, 'utf8mb4')>100) 
                    $caption = mb_substr ($caption, 0, 100);
                 
                    if(preg_match('#/([^/]+)/?$#sui',$new_media->link,$matches)){
                        $resource3->set('alias',$matches[1]."-".$caption);
                    }
                     
                    $resource3->set('pagetitle',$caption);
                    $resource3->set('longtitle','');
                    $resource3->set('description','');
                    $resource3->set('template',  Settings::$template3);
                    $resource3->set('published','1');
                    $resource3->setContent($content);
                    $resource3->save();

                    $resource3->setTVValue('akaunt', $account['username']);
                    $resource3->setTVValue('avatar', $new_medias[0]->avatar);
            }           
        }
    };

ну и после отработки всех циклов записи
 $modx->cacheManager->refresh();

[2016-12-13 01:17:23] (ERROR @ /var/www/www-root/data/www/starsagram.ru/core/model/modx/modcachemanager.class.php : 680) Error caching time of next auto publishing event
[2016-12-13 01:17:44] (ERROR @ /var/www/www-root/data/www/starsagram.ru/core/model/modx/modcachemanager.class.php : 166) Could not cache context settings for web.