$where = $modx->toJSON(array($filter));
заменить на 
$where = $modx->toJSON($filter);

<?php
$query = $modx->newQuery('msProduct');
$query->select(['msProduct.*']);
$query->where(['class_key' => 'msProduct']);
$query->limit(0);
$resources = $modx->getIterator('modResource',$query);
foreach ($resources as $resource) {
      $tv_available = $resource->getTVValue('30');
        $resource->set('available',$tv_available);
        $resource->save();
}

<?php
$debug = 1;
$array_ids = $modx->getChildIds(8,6,array('context' => 'web'));

foreach ($array_ids as $doc_ID){
    /* @var msProduct $product */
    $product = $modx->getObject('msProduct',$doc_ID);
    if($product){

        //tv price
        $tv_price = $product->getTVValue('price');
        //tv available
        $tv_available = $product->getTVValue('available');



        //msProduct price
        $product->set('price',$tv_price);

        //Дополнительные опции товара
        $options = $product->loadData()->get('options');
        //Добавим значение в доп. опцию товара
        $options['available'][0] = $tv_available;
        //Обновим опции
        $product->set('options', $options);
        //Save
        $product->save();

        //debug
        if($debug){

            var_dump($product->toArray());
            break;
        }



    }

}

.....
foreach ($resources as $resource) {
    // Эти строки не трогайте
    $arr = $resource->toArray();
    $productArray['context_key'] = 'web';
    $productArray['class_key'] = 'msProduct';
    $productArray['alias'] = $arr['alias'];
    $productArray['id'] = $arr['id'];
    
    // Эти строки настраивайте как вам надо
    $productArray['options-cvet'] = ['белый' , 'кофе', 'серый'];
    $productArray['options-available'] = 1;
    $productArray['price'] = 99999;
    $productArray['tags'] =  ['большие' , 'маленькие'];
    
    // Это процессор обновления товара
    $response = $modx->runProcessor('resource/update', $productArray);
}