Как лучше доработать к miniShop2 акции ?

Я бы сделал категорию, в которую добавлял бы товары участвующие в акции, величину скидки можно устанавливать либо через системные настройки, если скидка одна на все товары, либо индивидуально у товара, либо сделать подкатегории по величине скидки. Если акций несколько, то тогда точно нужно создавать категорию и подкатегории с акциями. А потом написал бы сниппет, который запускался бы по cron раз в сутки и проверял бы какие товары пора убирать из акции или какую акцию отключать. Я так делал для всех товаров сайт и для одной акции, поэтому обошёлся без дополнительных категорий.
Это сниппет который запускается по крону

<?php
$snippet = $argv[1]; // этот аргумент содержит название сниппет, который будет работать с акциями
require_once '/home/a/a99963am/art-sites.ru/public_html/config.core.php';
require_once MODX_CORE_PATH.'model/modx/modx.class.php';

$modx = new modX();
$modx->initialize('web');
$modx->getService('error','error.modError', '', '');
echo $modx->runSnippet($snippet);

Вот пример задания для крон SnippetName — имя сниппета для параметра $argv[1]

/usr/local/bin/php5.6 ~/domain.ru/public_html/assets/cron-run-snippet.php SnippetName

А ваш вариант кажется мне избыточно сложным, зачем вам отдельная таблица?

А что вы планируете хранить в вашей таблице

stock

?
Вы ведь написали что задача уменьшать цену существующего товара?

Скорее всего нужно же ещё отредактировать файл /core/components/minishop2/model/schema/minishop2.mysql.schema.xml?

Не нужно так делать, есть куда более правильный подход.

А вообще, мне лично неясно, зачем здесь нужна вторая таблица. Достаточно создать 3 новых поля — discount, discount_after, discount_until, затем написать небольшой кусок логики, который будет проверять, что товар попадает в нужный временной отрезок и к нему можно применить акцию, ну и останется только рассчитать скидку согласно акции.
По инструкции, которую ты скинул, можно расширить админку и сделать вполне удобный интерфейс для заполнения этой инфы.