Shopkeeper или miniShop?

Сложно ответить что лучше, не пытаясь нахваливать какой-нибудь один из модулей.
На этом ресурсе 99% пользователей юзают Минишоп и поэтому какой-то существенной критики, которая бы превознесла бы шопкипер, вы тут вряд ли увидите.
Достоинство минишопа как минимум в двух вещах — pdoTools и огромное количество дополнений почти под любые задачи. pdoTools позволит делать множество крутых штук, и если всё делать правильно, то и работать это будет очень быстро. Шопкипер работает как обычный модуль для MODX, со своими особенностями, поэтому с ним, вроде как, особо не поиграешься без серьезного погружения.
Но это и не так важно, как важно количество товаров и задание к магазину. 7000 товаров с опциями, фотками и всем остальным — достаточно весомая нагрузка на фильтр товаров и поиск. А если еще собираетесь подключать поставщиков, чтобы загружать десятки тысяч запчастей, то это вообще будет финиш. Я как-то столкнулся с магазином запчастей, куда как обычные ресурсы загрузили около 150 000 запчастей, и сайт работал очень медленно. И это уже неоднократно обсуждалось на этом ресурсе, что если нужно делать прям магазин-магазинище с десятками тысяч товаров, то придется кастомизировать модель товаров так, чтобы это были не ресурсы MODX, а другие сущности, т.к. на ресурсах это всё дело быстро загнется. Поэтому, если у вас нет серьезного бюджета или знаний на существенные переработки кода, то стоит выбрать другую систему для подобного. Пытаться за копейки построить космодром — не очень хорошая идея :)

Поработай с тем и с тем.
И поймешь, что конкретно подойдет под твои задачи.

Смотря какую цель преследуете.

Если думать про бизнес — то ни то, ни другое. Для магазинов автозапчастей есть специальные движки, рассчитанные на десятки тысяч товаров, уже интегрированные с поставщиками, 1С, остатками, рекомендованными ценами для разных федеральных округов, датами поставок, резервами и т.д.

Если рассматривать вопрос как «прокачаться в программировании», то все равно Shopkeeper или miniShop — разницы нет, главное начать действовать.

Есть еще иностранный Commerce. Правда для нас дорогой (200 или 300 евро)

По MS2 и магазину запчастей (есть опыт) могу сказать пару слов.
У меня есть магазин на MS2 с 22000 товаров с посещаемостью ~ 1500 уников в сутки, которые там активно ползают. На минимальном тарифе modhost — всё нормально, тормозов нет.

В вашем случае при подключении внешних поставщиков — я бы не стал хранить запчасти как товары ни в каком виде. Их будет ОЧЕНЬ (бесконечно) много. Через API (а у вас запросто будет несколько поставщиков с разными api) ведётся только поиск запчастей, в заказ они попадают как «Заказной товар» с данными от поставщика: цена, артикул и т.д.
В моём случае из нестандартных работ по сайту запчастей был как раз модуль подключения разных api от разных поставщиков с целью автоматического поиска всех предложений.